В связи с учиненными в Ходжалы и Гарадаглы трагедиями против армян возбуждено уголовное дело по статье «геноцид»
По решению генерального прокурора Закира Гаралова от 5 мая 2005 года, уголовное дело было передано на производство Военной прокуратуры (ВП) Азербайджанской Республики.

Как сообщили АПА из Военной прокуратуры, в ВП были изучены возбужденные и позднее приостановленные уголовные дела по фактам многочисленных преступлений, совершенных армянами против азербайджанского народа в различные времена.

Установлено, что в ночь на 16 февраля 1992 года армянские бандитские формирования совершили нападение на село Гарадаглы Ходжавендского района и убили 9 человек. Взяв в заложники находившихся там азербайджанцев, армяне расстреляли на именуемой "Бейлик" территории 40 человек. Остальные 47 пленных были доставлены в Ханкенди, где их в течение долгого периода времени подвергали жесточайшим пыткам.

Однако, тогдашней Карабахской межрайонной прокуратурой 29 февраля 1992 года было возбуждено уголовное дело только по факту убийства из огнестрельного оружия двух человек. В то время не была дана правовая оценка фактам вооруженного нападения армянских вооруженных формирований, в состав которых входили также иностранцы и русские, на село Карадаглы и массового истребления азербайджанцев. Производство по данному делу было приостановлено 20 декабря 1992 года.

Кроме этого, в ночь на 26 февраля 1992 года армянские захватчики совершили массовый акт геноцида против мирного населения города  Ходжалы, который был полностью стерт с лица земли. По данному факту 27 февраля 1992 года было возбуждено уголовное дело по статьям 70, 94 (пункты 4 и 6), 255 (пункт - б) старого Уголовного кодекса Азербайджанской Республике, действовавшей до 1 сентября 2000 года.

В результате расследования было установлено, что в ночь на 26 февраля 1992 года, используя личный состав и военную технику дислоцированного в Ханкенди 366-го мотострелкового российского полка, армянские вооруженные формирования и армянские вооруженные бандитские формирования, совершили нападение на город Ходжалы. Они истребили сотни мирных жителей города и бойцов батальона самообороны как на улицах самого города, так и за его пределами, догоняя пытавшихся спастись бегством на территории Агдамского района детей, стариков и женщин.

В результате этой жестокой кровавой акции были зверски убиты 399 жителей Ходжалы, в том числе 43 малолетних детей, 109 женщин, 16 стариков старше 60 лет, 115 человек пропали без вести, 30 ходжалинцев были взяты в заложники, 421 человек был ранен.

Также в ходе разбирательства было установлено, что в содеянном вооруженными формированиями Армении и сепаратистскими силами Нагорного Карабаха совместно с военнослужащими российского 366-го мотострелкового полка, дислоцированного в Ханкенди, имеется состав преступления "Геноцид", предусмотренного в Конвенции ООН "О предотвращении геноцида и установлении наказания за его осуществление" от 9 декабря 1948 года и в статье 103 Уголовного кодекса Азербайджанской Республики.

Изучения материалов уголовных дел позволило установить, что совершившими акт геноцида в Гарадаглы и Ходжалы армянскими вооруженными формированиями, вооруженными сепаратистскими формированиями и военнослужащие 366-го российского мотострелкового полка не были соблюдены международные правовые нормы, принятые  странами мира.

По результатам проведенного расследования 14 июля 2005 года военным прокурором республики было возбуждено уголовное дело по статьям 94, 103, 115, 116, 118 Уголовного кодекса Азербайджанской Республики. В настоящее время по указанным уголовным делам осуществляются необходимые следственные действия для привлечения к уголовной ответственности, розыска и осуждения лиц, совершивших преступления против мира и человечности, а также военные преступления в соответствии с национальными и международными нормами права.